علت نامگذاری این روز، بنا به آمار بنیاد شهید انقلاب اسلامی، کشته شدن دو نفر در اعتراضات انقلاب 1357 است که یکی از آن‌ها دانش‌آموز بود، و در صبح روز ۱۳ آبان 1357 در محوطه دانشگاه تهران تجمع انجام داده بودند.
در صبح روز 13 آبان 1357 دانش‌آموزان تهرانی به نشانه اعتراض در محوطه دانشگاه تهران جمع شده بودند، هدف تیراندازی مأموران دولت جعفر شریف‌امامی قرار گرفته و کشته شدند. در این اعتراض که با همیاری قشرهای دیگری از مردم نیز همراه بود، با شروع شلیک گاز اشک‌آور و سپس گلوله، 1 دانش‌آموز کشته شد و 3 نفر دیگر مجروح شدند.
دوشنبه 16 بهمن 1357 جمعی از دانش آموزان مدارس پایتخت طی بیانیه‌ای اعلام کردند: ما دانش آموزان ایرانی روز شنبه سیزدهم آبان 1357 را به عنوان روز دانش آموز اعلام نموده و قصد داریم هر ساله با یاد شهیدان جنبش دانش آموزی در این روز بر وحدت و یکپارچگی خود بیفزاییم. به منظور گرامی‌داشت این روز، 13 آبان در تقویم جمهوری اسلامی ایران به عنوان روز دانش‌آموز نامگذاری شده‌است.
پیام امام خمینی (ره)
حضرت امام در پیامی به همین مناسبت فرمودند: «.. عزیزان من صبور باشید، که پیروزی نهایی نزدیک است و خدا با صابران است … ایران امروز جایگاه آزادگان است… من از این راه دور، چشم امید به شما دوخته‌ام … صدای آزادیخواهی و استقلال طلبی شما را به گوش جهانیان می‌رسانم».